Aktualności

O Instytucie

Misja i Władze

Akty prawne

Historia

Dla mediów

Studia doktoranckie

Stopnie naukowe

Działalność naukowa

Oferta Instytutu

MCB

Wydawnictwa

Centrum Konferencyjne

Biblioteka

Użyteczne linki

BIP

Pracownicy

Galeria

Pomoc

Projekty
  • Main-Slider-PL-17
  • Main-Slider-PL-07
  • Main-Slider-PL-03
  • Main-Slider-PL-19
  • Main-Slider-PL-06
  • Main-Slider-PL-12
  • Main-Slider-PL-02
  • Main-Slider-PL-18
  • Main-Slider-PL-16
  • Main-Slider-PL-01
  • Main-Slider-PL-15
  • Main-Slider-PL-13
  • Main-Slider-PL-08
  • Main-Slider-PL-11
  • Main-Slider-PL-20
  • Main-Slider-PL-04
  • Main-Slider-PL-10
  • Main-Slider-PL-05
  • Main-Slider-PL-09
  • Main-Slider-PL-14
home 001 24px mail 001 24 bip text   

Kierownik projektu: mgr inż. Łukasz Roszkowiak

Projekt finansowany przez Narodowe Centrum Nauki w ramach konkursu PRELUDIUM UMO-2013/11/N/ST7/02797.

 

Cel badań/Hipoteza
Celem projektu jest zaprojektowanie i wykonanie narzędzia komputerowego wspomagającego pracę w laboratoriach diagnostycznych Zakładów Patologii w ocenie mikromacierzy tkankowych (ang. TMA) barwionych immunohistochemicznie z użyciem DAB&H (3,3' Diaminobenzidine&Haematoxylin) w szczególności w ocenie tkanek pochodzących z biopsji w raku sutka, jak również ocena stworzonego narzędzia w stosunku do istniejących metod oraz w stosunku do wyników manualnej oceny patologa.

Metoda badawcza
W niniejszym projekcie planuje się zastosowanie znanych w przetwarzaniu obrazów metod segmentacji oraz sieci neuronowych, a także nowej metody zaproponowanej przez autora projektu. Metody te będą poddawane ocenie użyteczności do wyznaczania granic i naliczania ilości obiektów immunopozytywnych i immunonegatywnych w obrazach cyfrowych skanowanych z preparatów histopatologicznych przygotowanych metodą TMA. Planowane jest zastosowanie metodologii procesów równoległych realizujących na wielu rdzeniach procesora lub z wykorzystaniem przetwarzania rozproszonego (klaster lub gpgpu) algorytm analizy obrazów pracujący na pojedynczych obszarach zainteresowania (ROI). W związku z tym wybrane fragmenty zostaną podzielone na zachodzące na siebie obszary zainteresowania o prostokątnym kształcie odpowiadające rozmiarem obrazom efektywnie przetwarzanym przez pojedynczy procesor. Kolejnym etapem będzie opracowanie metody łączenia wyników cząstkowych w wynik całkowity (uzgadniania wyników w obszarach zachodzących) oraz dobór optymalnego algorytmu podziału na ROI ze względu na ilość dostępnych procesorów i na rozmiar obszarów zachodzących.
Opracowane narzędzie zostanie ocenione pod względem skuteczność i poprawność działania zarówno metody segmentacji i klasyfikacji jak i oceny preparatu pacjenta jako całości tak w stosunku do rezultatów innych automatycznych i półautomatycznych metod (np.: w stosunku do wyników systemu TMarker, plugin ImageJ i innych), jak i w stosunku do oceny manualnej patologa. System będzie współpracował z użytkownikiem za pomocą graficznego interfejsu na tyle intuicyjnego, aby mógł z niego korzystać lekarz patolog, ale również przeszkolony operator niebędący lekarzem wstępnie przygotowujący dane do obróbki. System będzie klasyfikował jedynie ewidentne obiekty, natomiast obiekty sporne będą prezentowane patologowi, który jednym kliknięciem będzie ją wykluczał z klasyfikacji, lub klasyfikował do obiektów immunopozytywnych lub immunonegatywnych. Narzędzie będzie zawierało moduł pamiętający obiekty w stosunku do których nastąpiło rozstrzygnięcie patologa, aby gromadzić wiedzę pozwalającą na dopracowanie metod analizy w następnej generacji oprogramowania.

Wpływ rezultatów
Analiza tkanki dokonywana przez histopatologa jest procesem żmudnym i czasochłonnym, dlatego jej wynik obarczony jest błędem międzyklasowym i wewnątrzklasowym. Aby zmniejszyć zmienność dokonywanej oceny, proponujemy jej częściową automatyzację z jednoczesnym pozostawieniem lekarzowi decyzji w przypadkach trudnych do rozstrzygnięcia metodami analizy obrazów i klasyfikacji z użyciem sieci neuronowych. Opracowane narzędzie pozwoli na: (1) skrócenie czasu poświęconego przez histopatologa na ocenę preparatu oraz (2) zwiększenia powtarzalności, porównywalności i obiektywizacji oceny ilościowej preparatów. Obie wymienione korzyści mają swoje przełożenia na poprawę jakości leczenia i obniżenia jego kosztów w wymiarze społecznym.

 

MENU

Kontakt

Instytut Biocybernetyki i Inżynierii Biomedycznej im. Macieja Nałęcza PAN
 adres 002 16px

ul. Ks. Trojdena 4
02-109 Warszawa
POLSKA

 telefon 001 16px (+48) 22 592 59 00
(+48) 22 659 91 43
faks 001 24px

(+48) 22 659 70 30

mail 003 16px Ten adres pocztowy jest chroniony przed spamowaniem. Aby go zobaczyć, konieczne jest włączenie w przeglądarce obsługi JavaScript.
NIP:

 525-00-09-453

REGON: 000570832
lokalizacja 003 24px

MAPA

Nagrody naukowe


Instytut Biocybernetyki i Inżynierii Biomedycznej im. Macieja Nałęcza PAN, ul. Ks. Trojdena 4, 02-109 Warszawa
E-mail:Ten adres pocztowy jest chroniony przed spamowaniem. Aby go zobaczyć, konieczne jest włączenie w przeglądarce obsługi JavaScript.; Telefon: (+48) 22 592 59 00; Fax: (+48) 22 659 70 30
Copyright(c) 2016 IBIB PAN
Wszelkie prawa zastrzeżone